豚鼠特工隊。

本片講述了一群機智勇敢的動物特工。為了保護組織而去執行任務，最終擊敗敵人保護世界的有趣故事。是一位杰出的科學家，他任職于政府的一個秘密部門，通過高科技手段，他成功的培養了幾只小動物成為優秀的特工，并且能和他們進行語言溝通。

一天意外發生了，本被FBI通知自己的部門將要被取消，為了保住組織，本決定派出自己的動物特工隊，特工隊來執行一個秘密任務，以此來證明組織的能力從而留住組織。豚鼠特工隊的隊長叫達爾文，它是個英勇機智的小豚鼠，而他的隊員們分別是武器專家阿布，精通武藝的豚鼠華雷斯，擅長偵查的蒼蠅草奇，以及有電腦專家之稱的鼴鼠小貝，他們的目標是一家科技公司的老板。

羅納德已經被FBI監視多年，他被懷疑生產并出售一種智能芯片，這個芯片一旦落入壞人之手，世界將會陷入危機之中。很快身手不凡的特工隊潛入了羅納德的公司，在特工隊每位成員的協調配合下，達爾文成功進入到羅納德的辦公室中。經過調查大家發現，原來羅納德的最終計劃并不是想通過買賣芯片獲取利潤，而是想用芯片來制造殺戮機器人，讓地球徹底毀滅。

正當達爾文下載證據時，羅納德突然返回辦公室，于是蒼蠅草奇連忙前往阻攔羅納德，戴莫在眾人面前丑態百出，還不小心撞倒了服務生。感到不對勁的羅納德加快步伐回到了辦公室，達爾文馬上進行躲藏，但羅納德還是發現了蛛絲馬跡，將躲藏在煙囪旁邊的達爾文險些燒烤。華雷斯趕緊向達爾文丟逃生繩。達爾文順利逃出了那份機密文件。回總部的路上大家還遇到了大黑狗的阻攔，好在本博士及時趕到將大家護送到了總部。此時FBI調查組已經來到了本的家中，準備考核本的部門能力。本還激動的向大家展示了豚鼠特工隊。

正當特工隊滿心歡喜的將文件發送給FBI，以為成功完成任務時打開文件的FBI卻發現所謂的機密文件，所謂只是羅納德公司產品的說明書，認為被戲耍的FBI長官非常憤怒，決定立即解散豚鼠特工隊。幾只豚鼠還被送到了寵物店。在寵物店中達爾文結識了倉鼠小白和長毛，長毛對達爾文十分崇拜，還稱甘愿做他的助手。可此時離人類毀滅計劃啟動只有一天。逃出這里大家決定偽裝成可愛的樣子，通過小孩子帶走領養來逃出籠子。很快阿布和華雷斯就被領養帶走了。

而鼴鼠小貝因為外貌奇特遲遲沒有人領養，于是他決定裝死，最后被店員扔進了垃圾車里。結果垃圾車意外被開走小貝和大家失去了聯系。此時籠子里只剩下達爾文自己，這讓它十分著急，為什么就沒有人領養它呢？讓大家沒想到的是小白其實在籠子里偷偷安裝了一個秘密通道。

就這樣達爾文帶著被小白推下去的長毛，告別了寵物店一行人后從通道順利逃出。回總部的路上達爾文發現了幾只狗擋住了前進的路，他突發奇想利用輪胎作為掩護，在狗的疑惑中順利通過。

另一邊的華雷斯也開始撤離行動，他拿出從領養人家中存放的小自行車開始了回家之路。接上了正在另一家當寵物的阿布，就這樣幾只豚鼠都相聚在本博士的家中，看著離地球毀滅只有半小時，它們趕緊跟本請求行動，并告訴本羅納德的產品已經遍布各處，剛才在回來的路上就遇到了一個被芯片控制的電器。

當得知小貝生死未卜后，本博士十分傷心。他表示其實特工隊的豚鼠們都是普通的小動物，并不是他口中所謂經過研究的實驗品。這些小動物們本不該承受這些危險，看著得知真相的豚鼠們都十分喪氣。

長毛趕緊鼓勵達爾文，我們要相信自己，這樣我們才能成為特別的人。這句話瞬間打動了大家，豚鼠隊員們再次活力滿滿。因為他們都不想眼睜睜的看著地球毀滅在本博士的幫助下，豚鼠特工隊再次出擊，并裝備上了最新的裝備，順利的來到了羅納德的公司。但遺憾的是大家的阻止并未成功，羅納德的計劃還是啟動了，所有羅納德生產的電器瞬間變成了殺戮機器，向人類發動瘋狂的攻擊。

但讓羅納德沒有想到的是，指令系統出現了混亂，機器人們還對自己進行了攻擊。這邊被微波爐機器人抓住的長矛瘋狂呼救。達爾文立即上前解救了它。但因為機器人太過強大，導致小隊因為避難被分散了。孤身一人的達爾文決定獨自完成任務，它拼盡全力潛入了芯片主機的內部，想要通過擊碎主機停止所有機器人的攻擊。

讓它感到驚訝的是，一個熟悉的身影正在默默的操縱主機，他就是失聯的隊員小貝。這個行為讓達爾文十分不解。小貝立即向它解釋道，因為自己的鼴鼠族群一直被人類欺負，從未得到過關愛和善待，甚至連家園都被人類摧毀。所以它要利用羅納德的系統，將人類驅趕到地下進行報復，讓自己的鼴鼠家族支配地球。

面對已經瘋狂的隊員達爾文趕緊阻止小貝，并告訴它一味的報復并不能化解仇恨，人類并非都是貪婪的。

還用本博士舉了例子，想到曾經善待培養自己的本，小貝的心中漸漸感到愧疚，他決定重新回到特工隊，為自己的錯誤做出補償。最后在特工隊的努力下，達爾文成功的將病毒植入到了主機中，所有的機器人瞬間停止了破壞，世界再次恢復了平靜，豚鼠們的努力得到了大家的肯定，FRI決定恢復本的部門，豚鼠特工隊也保留了下來，成為了保護世界的中流砥柱。

而作為這件事的罪魁禍首，小貝獲得了一個富有教育意義的懲罰，負責拆除所有羅納德公司的機器人，拿著精英特工勛章的達爾文，此時心里十分激動和自豪，他將帶著這份職責繼續為世界和平貢獻自己的力量。呆萌可愛的小豚鼠們最后成為了拯救地球的偉大英雄。而他們之所以成功，就是因為自信和勇敢。